崇明南新专线（南门汽车站→跃进农场站）
南门汽车站 - 东门(崇明县) - 东门路北门路 - 桥镇 - 南双港 - 中双港 - 双津 - 沈家湾 - 西三江口 - 小高桥 - 庙镇 - 桥鼻港桥 - 南星桥 - 清水官宫 - 草棚镇 - 协进村 - 三星中学 - 三星镇 - 北新桥 - 白港 - 新海农场 - 仓房港 - 实验站 - 黄浦码头 - 跃进农场

崇明南新专线区间（南门汽车站→新海农场站）
南门汽车站 - 东门(崇明县) - 东门路北门路 - 桥镇 - 南双港 - 中双港 - 双津 - 沈家湾 - 西三江口 - 小高桥 - 庙镇 - 桥鼻港桥 - 南星桥 - 清水官宫 - 草棚镇 - 协进村 - 三星中学 - 三星镇 - 北新桥 - 白港 - 新海农场

南东专线（南门汽车站→前卫村站）
南门汽车站 - 东门(崇明县) - 东门路北门路 - 桥镇 - 丁家桥 - 东三江口 - 鳌山收花站 - 团城公路建设公路 - 新进 - 黄家弄 - 官尖 - 建设镇政府 - 建设镇 - 界山小学 - 虹桥 - 红梅 - 东风十二队 - 林场(崇明县) - 森林公园(崇明县) - 东纺厂 - 强力站 - 推广站 - 东风新村 - 县良种场 - 良果 - 前卫村

南堡专线（堡镇汽车站→南门汽车站）
堡镇汽车站 - 体育场(堡镇) - 小菜场 - 南堡镇 - 化肥厂(大通路) - 财贸中学 - 高石桥 - 竖新镇 - 朱家桥(崇明县) - 朱杨弄 - 东新镇 - 立新站 - 新河镇 - 新申路(新河公路) - 八渡界 - 东平大桥 - 二条竖河 - 朱家沟头 - 侯家镇 - 民生竖河 - 鳌山收花站 - 东三江口 - 丁家桥(崇明县) - 桥镇 - 东门路北门路 - 东门(崇明县) - 南门汽车站

南堡支线（堡镇汽车站→南门汽车站）
堡镇汽车站 - 小菜场 - 南堡镇 - 北堡镇 - 港沿镇 - 四号桥 - 齐乐村 - 富国村 - 大东村 - 张涨港桥 - 富民街 - 直河港桥 - 育才村 - 大椿村 - 永丰村(草港路) - 群英村 - 新民镇(草港路) - 平南村 - 民生村 - 为民商店 - 蟠龙村 - 草港公路蟠龙公路 - 富安村 - 三星村(崇明县) - 牛路站 - 静南小区 - 西门路鼓浪屿路 - 桥镇 - 东门路北门路 - 东门(崇明县) - 南门汽车站

南建专线（新建水闸站→南门汽车站）
新建水闸 - 新建河口 - 绿华镇 - 八号桥(崇明县) - 奶牛场(跃新路) - 育新村 - 新海水闸 - 西新镇 - 新东 - 海滨村 - 三星镇 - 纯阳堂桥 - 三星中学 - 协进村 - 草棚镇 - 界河桥 - 清水官宫 - 东安村 - 南星桥 - 友爱商店 - 桥鼻港桥 - 机械厂(大平路) - 庙镇 - 鄂鸪港北桥 - 小高桥 - 西三江口 - 庙镇卫生中心 - 沈家湾 - 双津(利民路) - 利民路岱山路 - 马桥(崇明) - 岱山路秀山路 - 秀山路三沙洪路 - 西门路秀山路 - 西门路北门路 - 北门路东门路 - 东门(崇明县) - 南门汽车站

南江专线（长江农场站→南门汽车站）
长江农场 - 奶牛场 - 元件六厂 - 崇明机场 - 东平商店 - 森林公园(崇明县) - 林场(崇明县) - 东风三分厂 - 排衙镇 - 八字桥河 - 庙子河 - 油车河 - 富民村 - 城北镇 - 天仙河 - 静南小区 - 丁家桥 - 桥镇 - 东门路北门路 - 东门(崇明县) - 南门汽车站

南海线（南门汽车站→安南村站）
南门汽车站 - 东门(崇明县) - 东门路北门路 - 桥镇 - 南双港 - 中双港 - 北双小学 - 南横街 - 陆角庙 - 长生村 - 竖河头 - 济民村 - 江丰路 - 镇东村 - 庙镇 - 周家河头 - 窑桥 - 猛将庙 - 太平竖河桥 - 保南村 - 望仓港 - 安南村

南红专线（南门汽车站→新洲不锈钢厂站）
南门汽车站 - 东门(崇明县) - 东门路北门路 - 桥镇 - 南双港 - 中双港 - 双津 - 沈家湾 - 西三江口 - 小高桥 - 庙镇 - 周家河头 - 窑桥 - 猛将庙 - 龚家河头 - 盘洪村 - 合作窑厂 - 红星降压站 - 红星农场 - 红星北店 - 新村电镀厂 - 新卫 - 一分店 - 新乐 - 二分店 - 新村镇 - 新中 - 新国 - 新庄 - 新洲 - 新洲不锈钢厂

南跃线（南门汽车站→跃进农场站）
南门汽车站 - 东门(崇明县) - 东门路北门路 - 桥镇 - 丁家桥 - 静南小区 - 天仙河 - 城北镇 - 富民村 - 油车河 - 庙子河 - 八字桥河 - 新北村(北沿公路) - 三沙洪 - 春谷滧 - 小竖河 - 解放河桥 - 南坝 - 合作窑厂 - 红星降压站 - 红星农场 - 红西站 - 新东牧场 - 新海果园 - 界河新村 - 新海农场 - 仓房港 - 实验站 - 黄浦码头 - 跃进农场

南风线（南门汽车站→东风新村站）
南门汽车站 - 东门(崇明县) - 北门路东门路 - 西门路北门路 - 西小港 - 南双港 - 中双港 - 漂染厂 - 北双小学 - 南盘滧 - 协兴镇 - 三沙洪 - 新北村(北沿公路) - 外国语学校 - 杨南村 - 橡胶一厂 - 东风场部 - 利民新村 - 东风新村